防水设计是防水工程的重要环节，选择合理的构造层次，以及适当的防水材料，才能真正发挥防水设计的效果。在此将防水设计中的一些问题进行了总结。
1、防水材料选择不当
防水材料的设计，也要根据具体项目来选定，例如混凝土结构的屋面宜选用沥青基的防水卷材，钢结构的厂房宜选用高分子(TPO、PVC)防水卷材。如果项目设计未考虑到工程实际情况，比如在设备支座较多的屋面采用高分子防水卷材作为主要的防水材料，由于高分子防水卷材与基层粘结较困难，易存在不服帖的情况，一旦细部节点处理不当，很可能导致防水层整体失效。
2、构造层次设计不合理
构造层次设计很重要，目前不少屋面的设计是一种“雨衣式”的防水设计，即防水层与结构层之间存在吸水性的保温层、轻质但吸水率高的找坡层，一旦防水层有个别破损点，这些构造层次就会大量吸水、窜水，从而导致防水层的整体失效。如果结构出现裂缝，就会导致渗漏，难以维修。屋面、地下室顶板等部位普遍存在这种现象。
3、复合防水材料搭配不当
当建筑防水做法采用涂料、卷材复合使用时，对于防水涂料和防水卷材的搭配选择也很重要。为了保证防水效果应选用材性相容的防水涂料和防水卷材进行复合使用，如沥青基的防水涂料复合沥青基的自粘防水卷材。有些防水构造做法未考虑材料的相容性，甚至有些构造设计的涂料与卷材之间会相互影响。
为了保证聚氨酯防水涂料的防水效果，聚氨酯防水涂料须多遍薄涂施工，每层涂料施工间隔约4到12小时，聚氨酯防水涂料固化成膜后才可施工防水卷材，导致施工时间延长。
如果涂料上层复合传统的SBS、APP热熔火烤类防水卷材，那么用喷枪加热防水卷材时，火焰极有可能燃烧到下层聚氨酯防水涂料，导致涂料破坏。
聚氨酯防水涂料还未固化成膜就施工防水卷材，此时聚氨酯防水涂料中的有些成分会对沥青基防水卷材产生不利影响。
